(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210558886.6 (22)申请日 2022.05.21 (71)申请人 中国科学院青岛生物能源与过程研 究所 地址 266100 山东省青岛市崂山区松岭路 189号 (72)发明人 葛安乐　崔超杰　刘沣仪　马波　 徐健　 (74)专利代理 机构 北京维正专利代理有限公司 11508 专利代理师 曹盼 (51)Int.Cl. C12Q 1/70(2006.01) C12Q 1/6844(2018.01) C12N 15/11(2006.01)C12R 1/93(2006.01) (54)发明名称 用于检测SARS-CoV-2及其突变株的引物组、 试剂和试剂盒及应用 (57)摘要 本发明属于生物 技术领域， 公开了用于检测 SARS‑CoV‑2及其突变株的引物组、 试剂和试剂盒 及应用， 所述引 物组核苷酸如SEQ  ID NO.1~6所 示的单链DNA分子。 采用本申请引物组合基于 LAMP检测体系可快速检测样本中的多种新冠病 毒株， 具有检出限低， 特异性好的优点， 且降低了 核酸检测的技术门槛， 普通人经过简单培训便能 进行操作满足对病毒的核酸检测。 权利要求书1页 说明书8页 序列表2页 附图2页 CN 114774589 A 2022.07.22 CN 114774589 A 1.一种基于LAMP法检测SARS ‑CoV‑2及其突变株的引 物组， 其特征在于， 所述引 物组主 要由外引物对、 内引物对组成； 所述的外引物对如下(a1)或(a2)： (a1)如SEQ  ID NO.1～2所示的单链DNA分子； (a2)将(a1)中所述单链DNA分子经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且 具有相同功能的DNA分子； 所述内引物对为如下(b1)或(b2)： (b1)如SEQ  ID NO.3～4所示的单链DNA分子； (b2)将(b1)中所述单链DNA分子经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且 具有相同功能的DNA分子 。 2.根据权利要求1所述的一种基于LAMP法检测SARS ‑CoV‑2及其突变株的引 物组， 其特 征在于， 所述引物组还 包含环引物对， 所述环引物对为如下(c1)或(c2)： (c1)如SEQ  ID NO.5～6所示的单链DNA分子； (c2)将(c1)中所述单链DNA分子经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且 具有相同功能的DNA分子 。 3.根据权利要求1或2所述的一种基于LAMP 法检测SARS ‑CoV‑2及其突变株的引物组， 其 特征在于， 所述 突变株为SARS ‑CoV‑2的变异毒株Alpha、 Gam ma和omicro n。 4.一种基于LAMP法检测SARS ‑CoV‑2及其突变株的试剂， 其特征在于， 所述试剂包含权 利要求1所述引物组。 5.根据权利要求4所述的一种基于LAMP法检测SARS ‑CoV‑2及其突变株的试剂， 其特征 在于， 所述引物组中外引物对、 内引物的摩尔比为1:8， 每对引物对中上下游引物的摩尔比 为1:1。 6.一种基于LAMP法检测SARS ‑CoV‑2及其突变株的试剂， 其特征在于， 所述试剂包含权 利要求2所述引物组。 7.根据权利要求6所述的一种基于LAMP法检测SARS ‑CoV‑2及其突变株的试剂， 其特征 在于， 所述引物组中外引物对、 内引物和环引物对的摩尔比为1:8:2， 每对引物对中上下游 引物的摩尔比为1:1。 8.一种检测 SARS‑CoV‑2及其突变株的试剂盒， 其特征在于， 所述试剂盒包含权利要求4 或6所述试剂。 9.权利要求1或权利要求2所述引物组在 如下(d1)～(d3)任一项中的应用： (d1)制备检测或辅助检测SARS ‑CoV‑2及其突变株的诊断试剂； (d2)制备检测或辅助检测待测样本是否含SARS ‑CoV‑2及其突变株的诊断试剂； (d3)制备检测或辅助检测待测样本中SARS ‑CoV‑2及其突变株含量的诊断试剂。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114774589 A 2用于检测SARS ‑CoV‑2及其突变株的引物组、 试剂 和试剂盒及 应用 技术领域 [0001]本申请属于生物技术领域， 具体涉及一种用于检测SARS ‑CoV‑2及其突变株的引物 组、 试剂和试剂盒及应用。 背景技术 [0002]新型冠状病毒， 2020年1月12日被世界卫生组织命名为2019 ‑nCoV， 2020年2月11日 被国际病毒分类委员会命名为SARS ‑CoV‑2。 SARS‑CoV‑2是一种新型冠状病毒， 其传播途径 主要包括飞沫传播、 接触传播和气溶胶传播。 感染SARS ‑CoV‑2的患者可能出现发热、 咳嗽、 气促和呼吸困难等症状， 严重的情况可能导致肺炎、 急性呼吸窘迫综合症或合并严重呼吸 道并发症。 [0003]由于SARS ‑CoV‑2是单链RNA病毒， 其RNA聚合酶缺乏校对功能， 病毒易发生突变。 目 前变异的新冠病毒主要有五大类， 分别是Alpha、 Beta、 Gamma、 Delta和 Omicron。 研究者发 现， 在delta变异株中， 突变氨基酸残基的数量为18个， 而在omicron中则高达43个， 且在其 表面刺突蛋白上的变异 就有32处， 而新冠病毒正是通过刺突蛋白与人类细胞 受体结合 感染 人体的。 易 发生突变是多 数RNA病毒的一种固有性质， 这有 可能导致之前感染或接种疫苗产 生的抗体无法识别变异后的新冠病毒， 同时病毒的核酸序列的改变， 也会影响现有的核酸 检测的准确性。 为了尽早对感染者做出诊断以及有效的隔离， 急需针对SARS ‑CoV‑2及其突 变株的同步检测体系。 [0004]目前对于新冠筛查主要采用荧光定量PCR法， 需要价格高昂的设备和专业的操作 技术人员， 且检测时间长， 不利于大规模的检测， 目前仅是作为实验研究使用。 环介导等温 扩增技术(loop ‑mediated  isothermal amplification， LAMP)是日本 学者Noto mi T于2000 年发明的一种新的DNA扩增技术， 其特点是针对靶基因的6个区域设计4种特异引物， 在链置 换DNA聚合酶(B st DNApolymerase)的作用下， 60～65℃恒温扩增， 15～60分钟左右即可实 现109～1010倍的核酸扩增， 具有操作简单、 特异性强、 产物易检测等特点。 且LAMP反应可以 直接在同一反应体系中完成RNA逆转录和PCR扩增反应， 省去了逆转录的操作步骤和时间， 也降低了多次操作可能带入污染物的风险。 该技术除了高特异 性、 高灵敏度外， 操作十 分简 单， 对仪器设备要求低， 一台水浴锅或恒温箱就能实现反应， 结果的检测也很简单， 不需要 像PCR进行凝胶电泳， 反应产生的大量焦 磷酸镁沉淀会使 管内出现白色浑浊现象， 因此可以 将反应液是否有白色沉淀作为判读标准， 肉眼即可判断样本内是否含有病毒的核酸， 无需 借助其它仪器 检测， 简便快捷， 适 合基层快速诊断。 发明内容 [0005]为提高SARS ‑CoV‑2及其突变株感染者大规模筛查的准确性和检测速度， 本申请基 于LAMP法构建了一种同步检测SARS ‑CoV‑2及其突变株的检测体系， 实现对感染者全面的快 速筛查以防止病毒传播， 保证患者得到及时治疗具有重大意 义。说　明　书 1/8 页 3 CN 114774589 A 3