(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210548726.3 (22)申请日 2022.05.20 (71)申请人 复旦大学附属中山医院 地址 200032 上海市徐汇区医学院路13 6号 (72)发明人 侯英勇　徐晨　蒋冬先　张磊　 黄雯　王慧美　梁怀予　宋琦　 黄洁　于子翔　徐一凡　栾丽娟　 (74)专利代理 机构 上海申汇 专利代理有限公司 31001 专利代理师 翁若莹　张业民 (51)Int.Cl. C12Q 1/6851(2018.01) C12Q 1/6886(2018.01) C12N 15/11(2006.01) (54)发明名称 一种c-myc基因拷贝数微滴数字PCR检测试 剂盒 (57)摘要 本发明涉及一种c ‑myc基因拷贝数微滴数字 PCR检测试剂盒， 属于生物医药技术领域。 本发明 提供一种c ‑myc基因拷贝数微滴数字PCR定量检 测方法， 根据c ‑myc基因与内参基因的荧光值， 计 算得到c‑myc的基因拷贝数； 本发明公开了用于 上述方法和试剂盒的引物和探针。 通过本发明再 结合临床病理信息， 随访结果， 治疗反应， 并与荧 光原位杂交方法相结合， 确定c ‑myc基因拷贝数 扩增变异的最佳阈值， 以作为特定肿瘤患者预后 的参考指标， 为临床提供了一种便捷可靠的辅助 诊断工具。 权利要求书1页 说明书9页 序列表2页 CN 114941022 A 2022.08.26 CN 114941022 A 1.一种c‑myc基因拷贝数微滴数字PCR定量检测方法， 其特征在于， 通过微滴数字PCR方 法， 得到c‑myc的基因拷贝数。 2.根据权利要求1所述的一种c ‑myc基因拷贝数微滴数字PCR定量检测方法， 其特征在 于， 所述方法中， 根据c ‑myc基因与内参基因的荧 光值， 计算得到 c‑myc的基因拷贝数。 3.根据权利要求1所述的一种c ‑myc基因拷贝数微滴数字PCR定量检测方法， 其特征在 于， 所述方法中， 根据c ‑myc基因与内参EFTUD2基因的荧光值， 计算得到c ‑myc的基因拷贝 数。 4.根据权利要求3所述的一种c ‑myc基因拷贝数微滴数字PCR定量检测方法， 其特征在 于， 所述微滴数字PCR方法中， 采用c ‑myc基因和内参EFTUD2基因的DNA扩增引物分别如下： c‑myc基因‑正向引物序列如SEQ  ID No.1所示； c ‑myc基因‑反向引物如SEQ  ID No.2所示； EFTUD2基因‑正向引物如SEQ  ID No.4所示； EFT UD2基因‑反向引物如SEQ  ID No.5所示。 5.根据权利要求4所述的一种c ‑myc基因拷贝数微滴数字PCR定量检测方法， 其特征在 于， 所述微滴数字PCR方法中采用的c ‑myc基因和内参EFTUD2基因的探针以及荧光标记分别 如下： c‑myc基因‑探针序列如SEQ  ID No.3所示， 序列5 ’端标记荧光基团FAM， 3 ’端标记有淬 灭基团BHQ； EFTUD2基因 ‑探针序列如SEQ  ID No.6所示， SEQ  ID No.6序列5 ’端标记荧光基 团HEX， 3’端标记有淬灭基团BHQ。 6.一种c‑myc基因拷贝数微滴数字PCR定量检测试剂盒， 其特征在于， 所述试剂盒通过 微滴数字PCR方法， 计算得到 c‑myc的基因拷贝数。 7.根据权利要求6所述的一种c ‑myc基因拷贝数微滴数字PCR定量检测试剂盒， 其特征 在于， 所述试剂盒根据c ‑myc基因与内参基因的荧 光值， 计算得到 c‑myc的基因拷贝数。 8.根据权利要求6所述的一种c ‑myc基因拷贝数微滴数字PCR定量检测试剂盒， 其特征 在于， 所述试剂盒 中包括c‑myc基因和内参EFTUD2基因的DNA扩增引物， 引物序列分别如下： c‑myc基因‑正向引物序列如SEQ  ID No.1所示； c ‑myc基因‑反向引物如SEQ  ID No.2所示； EFTUD2基因‑正向引物如SEQ  ID No.4所示； EFT UD2基因‑反向引物如SEQ  ID No.5所示。 9.根据权利要求6所述的一种c ‑myc基因拷贝数微滴数字PCR定量检测试剂盒， 其特征 在于， 所述试剂盒中包括c ‑myc基因和内参EFTUD2基因的探针以及荧光标记， 分别如下： c ‑ myc基因‑探针序列如SEQ  ID No.3所示， 序列5 ’端标记荧光基团FAM， 3 ’端标记有淬灭基团 BHQ； EFTUD2基因 ‑探针序列如SEQ  ID No.6所示， SEQ  ID No.6序列5 ’端标记荧光基团HEX， 3’端标记有淬灭基团BHQ。 10.根据权利 要求1至5中任一项所述的一种c ‑myc基因拷贝数微滴数字PCR定量检测方 法的应用。 11.根据权利 要求6至9中任一项所述的一种c ‑myc基因拷贝数微滴数字PCR定量检测试 剂盒的应用。 12.根据权利 要求6至9中任一项所述的一种c ‑myc基因拷贝数微滴数字PCR定量检测试 剂盒在食管癌预后中的应用， 其特征在于， 通过所述微滴数字PCR定量检测试剂盒检测c ‑ myc基因拷贝数， c ‑myc基因拷贝数的结果， c ‑myc值达到1.9， 提 示食管癌 患者的预后差 。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114941022 A 2一种c‑myc基因拷贝数微滴数字PCR检测试剂盒 技术领域 [0001]本发明涉及一种c ‑myc基因拷贝数微滴数字PC R检测试剂盒， 属于生物医药技术领 域。 背景技术 [0002]微滴式数字PC R技术是在传统的PC R扩增前对样品进行微滴化 处理， 即将含有核酸 分子的反应体系分成成千上万个纳升级的微滴， 其中每个微滴不含待检核酸靶分子， 或者 含有一个至数个待检核酸靶分子。 经PCR扩增后， 逐个对每个微滴进行检测， 有荧光信号的 微滴判读为1， 没有荧光信号的微滴判读为0， 根据泊松分布原理及阳性微滴的个数与比例 即可得出靶分子的起始拷贝数或浓度。 [0003]目前， 各种分子检测方法逐步发展起来， 如传统的原位杂交、 荧光原位杂交、 Sanger测序、 ARMS方法、 不同分子组合的高通量检测、 全外显子组高通量检测、 全基因组高 通量检测， 以及微滴式数字PCR的检测方法等， 各种方法有不同的应用场景和优缺点， 而微 滴式数字P CR由于得益于其标本的兼容性、 操作的便捷性、 耗时的短 效性、 解读的简单性、 阈 值的客观性、 通量的可塑性和成本的可接受性等， 在基因拷贝数变异、 突变检测、 基因表达 等研究和临床领域有着重要的应用场景。 [0004]c‑myc基因是myc基因家族的重要成员之一， c ‑myc基因定位于人染色体8q24， 由3 个外显子和2个内含子组成， c ‑myc基因产物为62KD的磷酸化蛋白P62c ‑myc， 是由c ‑myc基因 的外显子2和 3共同编码的由439个氨基酸组成的蛋白质， 定位细胞核内， 为核蛋白。 依功能 分类， c‑myc癌基因属核蛋白基因， 具有转化细胞的能力， 并具有与染色体、 DNA结合的特性， 在调节细胞生长、 分化及恶性 转化中发挥作用。 [0005]在B细胞淋巴瘤中， 往往出现c ‑myc基因位点与Ig基因位点之间的易位， IgH、 IgK、 Igλ链的基因位点分别在14q32、 2P13和22q11， 即c ‑myc基因易位到Ig位点的高活性转录区， 从而组成一个高转活性的重排基因， 启动c ‑myc转录， 使c ‑myc表达增强， 促进细胞恶变， 最 后导致肿瘤的发生。 [0006]c‑myc基因除发生易位改变外， 在多种人体肿瘤中， 包括粒细胞性白血病， 视网膜 母细胞瘤， 某些神经母细胞病瘤， 乳腺癌及某些肺癌， 已发现c ‑myc基因的扩增； 更广泛地， c‑myc基因也在骨肉瘤、 软骨肉瘤、 脊索瘤、 脂肪肉瘤、 横纹肌肉瘤中发现扩增， 当扩增 达到 30倍时， 染色体上表现双微体(DMs)和均质染色区(HSR)， 而且c ‑myc过量表达与肿瘤的早期 复发有关。 近期， 又发现更多肿 瘤， 如食管癌、 胃癌、 肠癌等等， 有c ‑myc基因扩增， 提示预后 差， 或在同一肿瘤的不同类型 的发生机制上起着不同的作用， 如肠癌中血吸虫病和非血吸 虫病相关的肠癌， c ‑myc的预后作用不同。 这说明c ‑myc基因在肿瘤中的变异， 扩增的形式比 易位的形式更具有普遍性， 因此， 通过c ‑myc基因拷贝 数的检测对于科学研究和临床 应用具 有重要意 义。说　明　书 1/9 页 3 CN 114941022 A 3