(19)国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202210557460.9 (22)申请日 2022.05.19 (71)申请人 袁隆平农业高科技股份有限公司 地址 410001 湖南省长 沙市芙蓉区合平路 638号袁隆平农业高科技股份有限公 司 申请人 湖南隆平高科种业科 学研究院有限 公司　 湖南亚华种业科 学研究院 (72)发明人 杨远柱　江南　邓钊　王秋奕　 涂洲溢　朱娱萱　胡小淳　王凯　 白珍安　傅军　严天泽　李艳锋　 (74)专利代理 机构 北京路浩知识产权代理有限 公司 11002 专利代理师 刘璞(51)Int.Cl. C12Q 1/6895(2018.01) C12N 15/11(2006.01) C12R 1/645(2006.01) (54)发明名称 一种检测稻瘟病菌交配型基因MAT1的SNP分 子标记及其应用 (57)摘要 本发明涉及植物保护与分子生物学技术领 域， 具体涉及一种检测稻瘟病菌交配型基因MAT1 的SNP分子标记及其应用。 本发明的SNP分子标记 的多态性位点位于Chr7.1156809， SNP分子标记 的多态性为T或C； 更具体地， 当多态性碱基为T， 判定稻瘟病菌株的交配 型为MAT1 ‑1型； 多态性碱 基为C， 判定稻瘟病菌株的交配型为MAT1 ‑2型。 通 过对本发明的SNP分子 标记进行检测， 可 实现96， 384， 1536孔板高通量检测， 适用于大规模、 高通 量的稻瘟病菌交配型基因MAT1检测。 本发明在检 测过程中不需要酶切、 电泳及测序等繁琐的程 序， 减少PCR产物气溶胶的污染以及EB等有毒物 的使用。 权利要求书1页 说明书6页 序列表2页 附图1页 CN 114774577 A 2022.07.22 CN 114774577 A 1.一种SNP分子标记， 其特征在于， 所述SNP分子标记的多态性位点位于Chr7.1156809， SNP分子标记的多态性 为T或C。 2.根据权利要求1所述的SNP分子标记， 其特征在于， 多态性位点碱基为T， 判定稻瘟病 菌株的交配型为MAT1 ‑1型； 多态性 位点碱基为C， 判定稻瘟病菌株的交配型为MAT1 ‑2型。 3.检测权利要求1或2所述SNP分子标记的引物 组合， 其特征在于， 所述引物组合的序列 如SEQ ID NO.1‑3所示。 4.根据权利要求3所述的引物组合， 其特征在于， SEQ  ID NO.1与SEQ  ID NO.2所示的引 物分别连接不同的荧 光接头序列。 5.权利要求3 ‑4任一项所述引物组合在制备稻瘟病菌交配型检测试剂盒中的应用。 6.一种用于稻瘟病菌交配型检测 的试剂盒， 其特征在于， 所述试剂盒含有序列如SEQ   ID NO.1‑3或SEQ ID NO.3‑5所示的引物组合。 7.权利要求1‑2任一项所述的SNP分子标记或权利要求3 ‑4任一项所述的引物组合或权 利要求6所述的试剂盒在检测稻瘟病菌交配型基因MAT1中的应用。 8.一种检测稻瘟病菌交配型基因MAT1的方法， 其特 征在于， 包括： S1、 提取待鉴定的稻瘟病菌 菌丝的基因 组DNA； S2、 以步骤S1中提取的基因组DNA为模板， 采用序列如SEQ  ID NO.3‑5所示的引物组合 进行PCR扩增； S3、 若检测到SEQ  ID NO.4中所连荧光接头序列对应的荧光信号， 则Chr7.1156809的多 态性位点碱基为T， 判定待鉴定稻瘟病 菌株交配型为MAT1 ‑1型； 若检测到SEQ  ID NO.5中所 连荧光接头序列所对应的荧光信号， 则Chr7.11568 09的多态 性位点碱基为C， 判定菌株交配 型为MAT1 ‑2型。 9.根据权利要求8所述的方法， 其特征在于， 步骤S2为， 在微孔反应板中加入待鉴定的 稻瘟病菌菌丝的基因组DNA， 烘干后加 入KASP反应混合液， 采用序列如SEQ  ID NO.3‑5所示 的引物组合进行PCR扩增。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114774577 A 2一种检测稻瘟病菌交配型基因MAT1的SNP分子标记及其应用 技术领域 [0001]本发明涉及 植物保护与分子生物学技术领域， 具体涉及 一种检测稻瘟病菌交配型 基因MAT1的SNP分子标记及其应用。 背景技术 [0002]有性生殖是真菌界普遍存在的一种生殖方式， 它是指一对交配可亲和的雌、 雄配 子结合产生有性孢子从而形成新个体的过程。 真菌有性生殖包括同宗配合和异宗配合两 类。 同宗配合自交可育， 而异宗 配合自交不可育， 必须由不同交配型个体结合后才能完成有 性生殖。 真菌的有性生殖和交配亲和性主要受交配型基因的控制， 同宗配合的真菌通常只 具有一个交配型基因位点； 而大多数异宗配合的真菌具有一对高度异源的交配型基因位 点。 在异宗配合的子囊菌中， 高度异源的交配型基因位点分别是MAT1 ‑1和MAT1‑2。 因此， 可 通过检测交配型基因从而确定异宗配合的交配型。 [0003]稻瘟病菌无性态为灰梨孢菌(Pyricularia  grisea)， 属半知菌亚门； 有性态为异 宗配合的子囊菌(Magnaporthe  grisea)， 属子囊菌亚门。 由稻瘟病 菌引起的稻瘟病是一种 世界性的稻作病害， 全球每年因稻瘟病造成的水稻产量损失可达11％～30％。 除水稻外， 稻 瘟病菌还可侵染大麦、 小麦和黍等重要农作 物， 以及画眉草、 马唐和稗等杂草。 众所周知， 在 许多真菌中， 有性生殖是病原菌遗传变异的首要因素。 虽然， 在稻瘟病菌中有性生殖的重要 性常常被高频率的无性生殖所掩盖， 而且迄今尚未在自然界中发现稻瘟病菌的有性生殖。 但是， 越来越多的间接证据表明， 有性生殖在稻瘟病菌群体演化过程中可能发挥了重要的 作用。 因此， 交配型是稻瘟病菌群体遗传学研究的重要内容。 了解稻瘟病菌群体交配型在地 理分化和系统发育进化过程中所形成的群体特征， 将有助于更全面、 正确 地把握该群体的 系统进化、 遗传变异和流行发生等方面的内在规律， 以便为水稻抗病育种和品种布局奠定 理论基础。 [0004]目前， 对于已发表文献公布的稻瘟病菌交配型基因MAT1检测的常规分子标记， 在 进行PCR扩增后需要进行琼脂糖凝胶电泳。 整个检测过程操作繁琐、 成本高， 使用的核酸染 料等试剂对环境及人体有危害， 且自动化程度低， 检测通量小， 另外有时会出现非特异扩增 的情况， 导致检测结果无法准确判断， 很大程度上限制了检测效率。 因此， 亟需建立一种快 速、 简便、 高效且环境友好的检测稻瘟病菌交配型基因的方法。 发明内容 [0005]本发明的目的是提供一种适用于大规模、 高通量的稻 瘟病菌交配型基因MAT1检测 的方法。 [0006]第一方面， 本发明提供了一种SNP分子标记， 所述SNP分子标记为K_MAT1， K_MAT1的 多态性为T或C。 所述分子标记K_MAT1的多态性位点位于Chr7.1156809(参考基因组： Pyricularia  oryzae strain LpKY97； Sequence  ID:CP050926.1)。 [0007]更具体地， 多态性位点碱基为T， 判定稻瘟病菌株的交配型为MAT1 ‑1型； 多态性位说　明　书 1/6 页 3 CN 114774577 A 3